元宝山冷杉每隔3-4年开花结果一次，花期5月，果期10月。

元宝山冷杉生于以落叶阔叶树为主的针阔叶混交林中。产区夏凉冬冷，年平均温12-15℃，极端最低温-12℃，年平均降水量2400毫米，雾多，湿度大。土壤主要为由花冈岩发育成的酸性黄棕壤，pH值4.5-5，表土层为枯枝落叶所覆盖的黑色腐殖质土。幼树耐荫蔽，成长后喜光，耐寒冷。

元宝山冷杉主要伴生树种为南方铁杉、南方红豆杉、粗榧、短叶罗汉松、包槲柯、水青冈等，林下多生长茂密的长尾筱竹。